Il nucleolo è una sottoregione del nucleo, che può essere vista come una vera e propria fabbrica molecolare. Al suo intern avviene la biosintesi di RNA ribosomiali e l'associazione di essi con proteine importate dal citoplasma a creare subunità ribosomiali. Non viene però assemblato il ribosoma nella sua forma matura. Inoltre nel nucleolo si sintetizzano enzimi come la telomerasi o le SNRP, fondamentali nei processi di splicing.
Il nucleolo si divide in 3 zone: la zona fibrillare densa al centro, il centro fibrillare che lo avvolge e infine la zona granulare alle estremità. Questa struttura è caratterizzata da un gradiente di componenti e in particolare vede un processo di graduale maturazione, in quanto l'RNA viene sintetizzato nella zona fibrillare densa per poi essere trasportato secondo gradiente verso l'esterno. All'interno del nucleolo troviamo DNA (cromosomi 13,14,15,21,22), precursori di rRNA, rRNA maturo, tRNA e proteine importate dal citosol, snoRNA.
All'interno nel nucleolo vengono prodotti generalmente RNA non codificanti (es rRNA). Essi sono presenti in multicopia in quanto la cellula deve disporre di moltissimi rRNA, quindi devono esserci più sequenze da poter trascrivere contemporaneamente per rendere il processo più efficace. Inoltre questi geni codificanti per gli RNA sono ccontenuti in cluster.
I corpi nucleari sono sottoregioni prive di membrana che svolgono ruoli all'interno di processi biologici. I principali sono: corpi di Cajal, gemme, PML bodies, speckles.
Sono corpi nucleari presenti in tutto il nucleo, in circa da 20 a 50 copie. Essi diventano grandi quando la trascrizione è inibita e piccoli quando essa è attiva. All'interno di queste strutture vengono infatti immagazzinati i fattori di trascrizione.
Sono corpi nucleari, pochi per cellula e ricchi di una proteina chiamata coilina. Contengono snRNA e snoRNA e svolgono un ruolo importante all'interno dell'assemblaggio di snNRP (splicing) e snoRNP (maturazione rRNA).
Sono corpi nucleari funzionalmente simili ai corpi di Cajal. Contengono una proteina chiamata SMN (survival motor neuron) implicata nella atrofia spinale muscolare.
Sono presenti nei pazienti che presentano leucemia promielocitica. Sono presenti in zone dense di geni e vicino ai telomeri, intervengono nei processi di riparazione del DNA.
I territori cromosomici sono aree del nucleo dove sono contenuiti anche più cromosomi contemporaneamente. D'altra parte i domini cromosomici sono zone ricche di RNA polimerasi e mRNA maturo pronto ad essere esportato nel citoplasma. I cromosomi nei territori cromosomici sono disposti in modo da facilitare la trascrizione, ovvero con le zone ad alta trascrizione poste verso i domini cromosomici. Questo facilita l'interazione con l'RNA polimerasi e l'esportazione.