Bases moléculaires du génome
Groupements et type de base
Purine → 2 cycles à 5 et 6 atomes
- Adénine→ groupe NH2
- Guanine → groupe NH2 et double Iiaison O
Pyrimidine → cycle à 6 atomes
- Cytosine → groupe NH2 et double liaison O
- Thymine → 2 double liaison O et CH3 (méthyle)
- Uracile → 2 double liaison O
Liaisons
- N-osidique → N et C1' du sucre
- Ester → P et C5' du sucre
Noms employés
D au début → ADN (désoxy)
R au début → ARN
S → (désoxy)adénosine
T→ Acide (désoxy)adénylique
Liaisons phosphodiester
Les dinucléotides se forment par liaison phosphordiester
Le P d'un nucléotide C5' de son sucre se lie au C3' du sucre du nucléotide précédent
Caractéristiques de I .'ADN
Structure en homoduplexe bicaténaires hélicoïdal
L' ADN est fait de 2 brins dextrogyres s'enroulant autour d'un axe pour former une double hélice droite
Noms des brins
brin sens 5'→3' = brin positif = brin codant = brin non-transcrit = brin matrice
brin antisens 3'→5' = brin négatif = brin non-codant = brin transcrit
Liaisons/ponts hydrogènes
AT→ 2
CG→3→ + solide
Caractéristiques ADN type B
Isoforme le plus classique : pas de l'hélice =10 bases avec une immense longueur et un très petit diamètre
Diamètre = 20A
Caractéristiques ADN type Z
Diamètre 18A
12 bases = pas de l'hélice avec double hélice lévogyre
Caractéristiques des régions riches en GC
Dogmes
- Initial → ADN →ARN pouvant ou non être traduite en protéines (Francis Crick)
- Théorie actualisée : Réplication ARN on traduction de l'ADN directement on transcription inverse
Codons poly
Poly-U → Phénylalanine
Poly-A → Lysine
Poly-C → Proline
Différents codons
Codon d'initiation → AUG →Met commen (permet arrimage du ribosome et la synthèse
61 codons protéinogènes
3 codons STOP → UAA, UAG, UGA
Facteur de compaction
10 000
Niveaux de compaction
Histoner → Nucléosomes → Solénoïde,Chromartine → Chromosomes
Caractéristiques des «core» nucléosomes
Petite taille avec acides aminés basiques avec un diamètre de 110A
Bobine de 8 histones
→ 2 histones H2A
→ 2 histones H2B
→ 2 histones H3
→ 2 histones H4
H1 hors nucléosome pour compaction (attache 2 nucléosomes contigus)
Avec interaction de l'ADN avec les nucléosomes grâce on a acides aminés basiques (+) des histones et phosphates (-) de I'ADN
Caractéristiques des solénoïdes
Diamètre de 300A
Enroulement hélicoïdal de nucléosomes aboutissant à la compaction de I'ADN
H1 → rôle d'agrafe s'intercalent entre les nucléosomes
Caractéristiques de la chromatine
Régulation du niveau de compaction régulé par :
Dans le nucléosome
- Méthylation (HMT)
- Acétylation (HAT)
Ciblage des H3 et 4 aboutissant à la décompaction de la chromatine
Dans le solénoide : Phosphorylation ciblant H1 pour décompacter la chromatire et les chromosomes
Taille de I'ADN humain
3,2×10⁹ pb
Caractéristiques de l'ADN humain
Euchromatine : 93% de l'ADN humain (fonctionnel) → se compacte et se décompacte pour transcrire, exprimer les gènes
thétérochromatine : 70% de l'ADN humain (non exprimé)
Courbes de Cot
+ à droite + ADN met du temps à se renaturer et se réaparier
- Courbes lisses pour ADNS de virus, bactéries,...
- Courbes escaliers pour ADN répétitif, moyennement répétitif et séquences uniques d'ADN