BIOLOGIA 19
Come si compone il GTF TFIID?
Una subunità TBP che lega la TATAbox e 11 subunità TAF (TATA binding protein associated factors)
Cosa succede quando la TFIID lega la sequenza di DNA?
La sequenza di DNA viene piegata di un angolo compreso tra gli 80° e i 90° in modo che gli altri fattori riescano ad entrare più agevolmente.
Che forma assume la molecola di DNA una volta piegata da TBP?
Assume una forma "a sella"
Cos'è e a cosa serve il BRE?
BRE è un acronimo che sta per B responsive element ed è una sequenza che svolge attività regolativa. Solitamente si trova in posizione -35. Ad essa si lega TFIIB, e la funzione princiaple è quella di imprire la direzione corretta per la trascrizione del filamento di DNA.
Qual è il punto in cui i fattori di trascrizione attaccano maggioremente il filamento di DNA?
Il solco maggiore
Cos'è il DPE e che ruolo svolge all'interno della trascrizione? Da chi viene contattato?
DPE è una sequenza regolativa , proprio come TATA o BRE, che ha il compito di reclutare i nucleotidi a valle del sito di inizio trascrizione. E' un core promoter e viene contattato da TFIID.
Cosa succede prima dell'inizio della fase di allungamento?
Sintesi abortiva dei 10 nucleotidi
Cos'è il promoter escaping?
Il promoter escaping è il processo per cui, terminata la sintesi abortiva, si distaccano ddal filamento di DNA TFIIB e TFIID. Questo viene causato dall'attività di fosforilazione della TFIIH, sulla coda C-terminale della RNA polimerasi.
Cosa determina la fosforilazione in C-Terminale della RNA polimerasi ad opera della TFIIH?
Determina innanzitutto la "spinta" iniziale necessaria a far partire l'atttività trascrizionale di RNApolimerasi. Inoltre la fosforilazione è chiave in quanto richiama fattori necessari alle modifiche post trascrizionali, come ad esempio il capping, il tailing o lo splicing
Cosa determina la fosforilazione della Serina 5? E quella della Serina 2?
La fosforilazione della serina 2 della coda C-terminale dell'RNA polimerasi determina il richiamo dei fattori di splicing, come PTEF-b e CTK1, e quelli di poliadenilazione. Invece la fosforilazione in serina 5 determina il richiamo dei fattori di capping.
Le modifiche avvengono simultaneamente alla trascrizione? Se sì come mai?
Si le modifiche avvengono simultaneamente alla trascrizione. Questo è fondamentale in quanto il trascritto appena sintetizzato è estremamente labile e soggetto all'attività delle esonucleasi. Deve quindi essere protetto in 5' da un cap.
Che tipo di altri fattori di allungamento conosciamo oltre a TFIIH? A cosa servono?
Oltre a TFIIH conosciamo SII, ELL e PTEF-b. Essi sono fondamentali in quanto servono a risolvere le eventuali fasi di stallo della trascrizione, che possono accadere se si inserisce un nucleotide errato, se l'RNA assume strutture secondarie che rallentano la trascrizione e così via. Un'azione equivalente viene svolta nei procarioti dai fattori GRE.
Cosa deve trascrivere la RNA polimerasi I? Dove è contenuta?
E' preposta a trascrivere i geni che codificano per gli rRNA. In particolare essi sono contenuti in cluster nel nucleolo, in particolare nelle costrizioni secondarie dei cromosomi 13,14,15,21,22. La RNA polimerasi I è quindi contenuta nel nucleolo.
Perchè si utilizzano cluster?
Si utilizzano cluster, come nel caso degli rRNA in quanto la polimerasi si occupa di trascrivere un precursore che verrà fatto maturare nei vari rRNA grazie all'azione degli snoRNA a valle.
Che differenza c'è tra GTF di RNA polimerasi II e RNA polimerasi I?
In RNA polimerasi I non abbiamo 6 GTF, ma solo 2. Essi sono UBF e SL1. Quest'ultima si occupa del legame con la TATAbox, svolgendo quindi il ruolo di TBP in RNApol II. UBF si occupa di generare un cambiamento conformazionale sul filamento e SL1 richiama la RNApolimerasi I, che si lega tramite una TBP.
Che particolarità hanno i geni che codificano per i tRNA? D che polimerasi vengono trascritti?
I geni che codificano per i tRNA si trovano innanzitutto in cluster, dispersi però in tutti i cromosomi e non sono in alcuni. Inoltre presentano il promoter all'interno dellaa sequenza e non a monte. Essi sono trascritti da RNApolimerasi III.
Su che tipo di promoter si aggancia RNApolimerasi III?
RNA polimerasi III è in grado di agganciarsi su promoter sia a valle che a monte del sito di inizio trascrizione.
Che enzima si occupa di sciogliere i superavvolgimenti che si formano nelle eliche di DNA, a causa dell'attività trascrizionale? A che rischi possono portare?
Topoisomerasi, rottura meccanica, distorsioni.
La cellula attua un processo trascrizonale uguale per tutti i geni?
No, la cellula differenzia il processo tracsrizionale per geni che codificano per fattori di housekeeping, che evono essere trascritti in maniera costante, mentre per geni tessuto specifici la situazione cambia, in quanto la trascrizione è estremamente regolata secondo un gradiente di spegnimento e accensione.
Cos'è un enhancesome?
L'enhancesome è il complesso molecolare preposto all'attivazione della trascrizione, il quale è fromato da tante proteine che possono coadivuare l'attività di un fattore attivatorio, o possono semplicemente modularla. Ovvero sono dei complessi proteici che si legano agli enhancers o ai silencers, e lo sfrutta per regolare l'attività trascrizionale.
https://en.wikipedia.org/wiki/Enhanceosome
Che domini caratterizzano l'enhancesome o fattori di trascrizione tessuto specifici? Dove avviene l'attacco di qquesti fattori all'interno del DNA?
C'è un dominio che serve a legare il DNA, sfruttando la specificità degli amminoacidi per le basi, mentre un altro caratterizzato dalla funzione di richiamare altre proteine regolatorie.
Sul solco maggiore.
Su che criterio si suddividono i vari fattori di trascrizione che riconoscono gli enhancer/silenecer? Che categorie individuiamo?
Si dividono secondo che tipo di dominio di riconoscimento del DNA hanno all'interno della propria struttura.
Le categorie che riconosciamo sono helics-turn-helics, helics-hoop-helics, leucine zipper e zinc finger. Le Leucine Zipper sono costituite da due alfa eliche legate fra loro grazie a interazioni tra residui di leucine, ripetute ogni 7 amminoacidi. Mentre lo zinc finger presenta una particolare regione che coordina lo ione zinco. Esso genera un ripiegamento nel filamento di DNA che permette alle DBD di legarsi in maniera più efficace.
Cosa hanno in comune i fattori di trascrizione che riconoscono gli enhancers?
Hanno in comune la presenza di un DBD, anche se cambia il tipo che lo caratterizza. Hanno inoltre in comune il fatto che NON LAVORANO MAI DA SOLI, ma svolgono sempre un lavoro coadiuvato, in quanto possiamo trovare diversi enhancher in successione all'interno del genoma. Essi collaborano sotto forma di eterodimeri, dimeri...