BIOLOGIA 18
Quanti errori caratterizzano il processo di trascrizione del DNA?Perchè è più tollerato?
E' caartterizzato da un errore ogni 10000 nucleotidi, ed è più tollerato in quanto la vita del trascritto del mRNA è molto breve e produce solo copie transitorie di specifiche regioni del genoma.
Che strumenti utilizzano i procarioti per analizzare e correggere gli errori?
I procarioti possiedono limitati strumenti per correggere gli errori, tra cui principalmente modelli. I due principali sono il proofreading pirofosfolitico e idrolitico.
Come funziona il proofreading pirofosfolitico?
Innanzitutto bisogna spiegare come lavora la RNA polimerasi. Essa prende il ribonucleotide trifosfato complementare a quello del DNA e ne scinde due gruppi fosforici (pirofosfato), utilizzando il terzo per formare il legame fosfodiestereo.
Se il ribonucleotide non è complementare l'RNA polimerasi va in stallo e catalizza la reazione inversa, ovvero l'aggiunta di un gruppo pirofosforico al ribonucleotide monofosfato Si riforma quindi il ribonucleotide trifosfato che viene espulso.
Quindi viene tolto UN nucleotide e viene aggiunto quello corretto.
Cosa vuol dire "gruppo pirofosfato"?
Gruppo composto da due fosfati.
Come funziona il proofreading idrolitico?
E' un sistema di correzione più esteso e genralizzato in cui si agisce su più nucleotidi e non su uno solo come nel caso del proofreading pirofosfolitico. In questo caso, quando si rggiunge una fase di stallo dovuta alla presenza di un trascritto mal conformato vengono richiamati i coisddetti fattori Gre, che aiutano appunto a superare queste fasi di stallo. Un esempio di rallentamento della cinetica di trascrizione lo si trova quando viene inserito in maniera erratta un ribonucleotide. Questo non accoppiandosi con il filamento stampo comporta una distorsione dell'RNA polimerasi, con conseguente rallentamento dell'attività enzimatica.
Che differenza c'è fra RNApolimerasi eucariotica e RNA polimerasi procariotica?
L'RNA polimerasi procariotica è in grado di trascrivere tutti i geni, mentre per quanto riguarda gli eucarioti esistono 3 tipi diversi di RNA polimerasi specializzate. Inoltre le RNA polimerasi eucariotiche sono molto meno efficienti e hanno bisogno di partner trascrizionali.
Che tipo di geni è in grado di tracsrivere la RNA polimerasi I?
RNA polimerasi I è in grado di trascrivere per geni dell'rRNA.
Che tipo di geni è in grado di trascrivere RNA polimerasi II?
mRNA, snRNA, snoRNA, miRNA, siRNA
Che geni è in grado di trascrivere RNA polimerasi III?
tRNA, alcuni snRNA
Dove si trovano le RNA polimerasi I?
Le RNA polimerasi I si trovano all'interno del nucleolo in quanto hanno il compito di trascrivere i geni per gli rRNA, quindi si trovano nel luogo che contiene i cluster delle costrizioni secondarie (13,14,15,21,22).
Dove si trovano i promoter per le RNApolimerasi III?
I promoter per le RNA polimerasi III si trovano principalmente all'interno della sequenza da trascrivere, a differenza dei promoter per I e II. A dire il vero però le III sono in grado di trascrivere anche per promoter a monte della sequenza.
Le RNApolim dei mitocondri dipendono da quelle nucleari? E il trascritto?
Le RNA polim, il trascritto e quindi tutta la trascrizione mitocondriale è un processo indipendente da ciò che avviene all'interno del nucleo.
Dove si trovano le RNA polimerasi IV e V?
Nelle piante.
Quali sono le sequenze che indicano all'RNA polimerasi eucariotica che è giunta nel punto di inizio trascrizione?
TATA box (box di prinvov nei procarioti), BRE (B responsive element), situato a circa 35 nucleotidi a monte, sequenze CG metilate, CAAT box a -80, che sarebbe una sorta di esamero dei procarioti
La TATAbox può variare? Può non esserci?
Sì, la TATAbox pur essendo una sequenza altamente conservata può variare leggermente, o addirittura non esserci proprio come per esempio nella trascrizione dei geni housekeeping.
Come viene chiamata anche la TATAbox?
Viene chiamata TFIID recognition factor.
Cosa comprende il core promoter?
Il core promoter comprende la BRE, la TATAbox e in nucleotide +1, punto di inizio della trascrizione.
Cosa sono i GTF?
I GTF o general transcription factors sono dei fattori di trascrizione che si legano alle RNA polimerasi e a sequenze presenti nel ccore promoter.
Quanti GTF esistono per RNApolim II?
Esistono sei GTF per RNApolim II, in particolare TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH. OGNUNO DI ESSI RICONOSCE UNA SEQUENZA DEL FILAMENTO DI DNA, NEL CORE PROMOTER.
Come operano i GTF della RNApolim II?
I GTF si legano a cascata su sequenze specifiche (per ognuno) di core promoter. Ricchiamano la RNA polimerasi che senza di essi non sarebbe in grado di legarsi in maniera efficace al filamento di DNA.
Che ruolo ha la TFIID? Che domini presenta? Cosa succede alla molecola di DNA dopo che si è legata al TFIID?
Riconosce la TATAbox. Presenta un dominio TBP (TATA binding protein) e dei TAF (TATA binding protein associated factors). In seguito al legame fra TFIID e TATAbox la molecolaa di DNA viene piegata di un angolo compreso fra 80° e 90°, così da facilitare l'ingresso della RNA polimerasi.
Che ruolo ha TFIIB?
Riconosce la sequenza BRE a -35. BASTA RICORDARE TFIIB =BRE, entrambe con la B
Che ruolo ha TFIIF?
Serve a stabilizzare il legame fra RNA polimerasi e TFIIB.
A cosa serve TFIIE?
Serve a richiamare TFIIH?
Che ruolo ha TFIIH?
Innanzitutto TFIIH è costituito da due domini, uno elicasico che permette di slegare la doppiaelica per inserire l'RNA polimerasi, mentre l'altro è chinasico, in quanto fosforila la coda C terminale dell'RNA polimerasi. Esso serve a richiamare altre proteine come quelle di Capping, di Splicing e di Poliadenilazione, fondamentali per la maturazione del trascritto. In base alla posizione della serina fosforilata cambiano anche le proteine richiamate (serina 2 vs serina 5). Inoltre fosforilando si dà l'impulso inziale fondamentale per farr partire l'attività trascrizionale di RNApolimerasi.
Come si chiama il complesso di inzio trascrizione composto dai vari GTF?
Il complesso si chiama PIC, ovvero Pre-initiation complex