Biokemi del 3
Exon och intron
- Sekvenser i eukaryota celler
- Exoner innehåller den information som översätts till aminosyrasekvensen
- Introner är sekvenser som tas bort från Pre-mRNA under splicing
Splicing
- Processen där introner tas bort från pre-mRNA och exoner sammanfogas för att bilda moget mRNA
- Utflrs ac spliceosomen, ett stort komplex av proteiner och RNA-molekyler
- Genom splicing kan olika kombinationer av exoner sammanfogas, vilket leder till att en enda gen nkan koda för flera olika proteiner
DNA-molekylen
- Består av polynukleotid kedjor som är sammanflätade i en dubbelhelix
- Nukleotider består av socker, kvävebaser (cytosin, Guanin, Adenin och tyamin) och en fosfatgrupp
Adenin sitter med Tyamin, Guanin sitter med Cytosin)
Kemiska bindningar i DNA-molekylen:
- Fosfodiesterbindningar - inom varje nukleinsyrasträng, kovanlenta bindningar
- Vätebindningar mellan kvävebaserna på de två komplementära strängarna (A->T, G->C), svaga bindingar
- Hydrofoba interaktioner och van der waals-interaktioner - mellan de olika planen av kvävebaser, svaga interaktioner.
Ämnen i replikationsprocessen
Ligas -
DNA-polymeras -
Gyras eller topoisomeras -
Helikas -
Enkelsträngsbindande proteiner (SSB) -
Primas -
Ligas - Lagar "nicken" efter att RNA-primern har tagit bort och ersatts med DNA
DNA-polymeras - Polymersriserar nya DNA-strängar genom att addera dNTP
Gyras eller topoisomeras - Introducerar och tar bort supercoiling i DNA framför replikationsgaffeln
Helikas - Bryter vätebindningarna mellan de två DNA-strängarna så att de kan separeras
Enkelsträngsbindande proteiner (SSB) - Skyddar enkelsträngarna mot nedbrytning och hindrar dom från att binda ihop igen
Primas - Tillverkar RNA-primers som är komplementära till DNA-sekvensen, vilket ger DNA-polymers en 3´-ände att addera till
DNA till färdig produkt
Transkription - Transkriberas DNA till RNA, under transkriptionen används endast en av DNA-strängarna som mall för att skapa en RNA-molekyk sin är kompliment till mallsträngen. RNA-polymeras binder till specifika DNA-sekvenser som kallas promotorer. RNA-polymeras katalyserar polymerseringen av ribonukleotidkedjor
Translation - Information i mRNA översätts till en polypeptidkedja, processen sker i ribosomerna i cytosolen, mRNA:ts nukleotidsekvensen avgör aminosyrasekvensen i polypeptidkedjan.
Proteins struktur och funktion - Polypeptidkedjan veckas till en specifik 3D-struktur, vilket är avgörande för proteinets funktion, interaktioner mellan aminosyrorna i kedjan, såsom vätebindningar, elektrostatiska interaktioner, van der waalsbindningar och hydrafoba interaktioner bidrar till veckningen.
Samlingsnamnet - genexpression
RNA
- Innehåller pentos, kvävebaser ( Uracil istället för Tyamin) och fosfatgrupp
Struktur - Enkelsträngad
Bindningar - Fosfodiesterbindningar, vätebindningar, N-glykosid-bindningar och esterbindningar
Genetisk kod
-mRNA:ts nukleotidsekvens är direkt avgörande för vilken aminosyrasekvens en viss polypeptidkedja får
- Kodon: Tre nukleotider kodar för en aminosura, 64 möjliga modon, varav 61 för aminosyra och 3 stoppsignaler
- Degenerad kod: De flesta aminosyror kodas av mer än kodon
- Universiell kod: genetiska koden är nästan 100% univerisell (mRNA avkodas på samma sätt i olika organismer)
Translation
- Huvudsakliga steg
1. Initiering: Ribosomens två delar samlas runt mRNA, MRNA binds till ribosomen, speciellt tRNA ninder till startkodonet till mRNA
2. Elongering: För varje kodon rekryteras ett tRNA med rätt antikodon och tillhörande aminosyra, en peptidbindning bildas mellan den nya aminosyran och den växande polypeptidkedjan
3. Terminering: Ribosomen når ett stoppkodon på mRNA, release factors binder till ribosomen, polypeptidkedjan frigörs.
- Molekylära komponeter - Ribosomer, mRNA, tRNA, aminoacyl-tRNA syntetaser, hjälpprotein och energi