pharmaco
affinité déf
capacité d'une molécule à se lier à un site de liaison
pharmacophore
nombre restreints d'atomes ou de fonctions qui participent effectivement à la reconnaissance avec le récepteur.
experience de competition
technique utilisée pour étudier la compétition entre deux molécules pour se lier à une meme cible. permets de determiner l'affinité relative de differents ligands pr une meme cible
étape compétition
1- Incubation de R(qté, T, et pH fixe) avec le ligand marqué en qté fixe
2- ajout I en Cº croissante avec I et L* >> R incubation pdt un temps fixe
3- séparation du cpx RL (ultrafiltration ou ultracentrifugation)
4- Lavage
5- Mesure qté de cpx RL* formé en fonction de I
avantages du radiomarquage pour déterminer affinité d'un composé
sensibilité élevée
détection spécifique de la molecule marquée
inconvénients du radiomarquage pour déterminer affinité d'un composé
durée de vie, activité spécifique faible pour tritium
inconvenients de la fluorescence pour déterminer affinité d'un composé
durée d'imagerie limitée, diminution du signal au fil du temps
bruits de fonds, reduits sensibilité et spéficifé des mesures
pénetration limitée dans les tissus biologique
limite taille du ligand
avantages de la fluorescence pour déterminer affinité d'un composé
multiplicité de marquage avec marqueurs fluorescents de couleurs differentes
sensibilité élevée
selectivité
pas de separation cpx RL/L libre
expérience controle ELISA sert à quoi
vérifie qu'il n'y ait pas de bruit de fond en faisant l'experience sans ligand, (peut quantifier interaction non specifique si yen a)
controle pour s'assurer que l'anticorps primaire est bien spécifique au ligand ciblé.
diff entre affinité et activité
affinité mesure la force de liaison avec la cible
activité evalue la fonction biologique de la protéine.
sélectivité
une affinité preferentielle pour un récepteur par rapport aux autres
un ratio
cest le rapport d'affinité/activité/ IC50 pour un récepteur par rapport à lautre
une molécule est sélective quand au moins elle a un facteur de combien ?
facteur 100
une molécule est spécifique quand au moins elle a un facteur de combien ?
facteur 1000
CI50
Concentration à laquelle un medicament ou un composé inhibiteur est capable de bloquer la moitié de l'activité d'une cible biologique spécifique
FRET avantages et inconvenients
+ : pas de separation cpx RL/L libre
- : mise au point lourde
Marqueurs Fluorogéniques
fluorophores dont l’intensité de fluorescence et/ou la longueur d’onde
d’émission est modifiée en fonction de leur environnement chimique (polarité, viscosité...)
ELISA avantages
Simplicité des instruments (spectromètre UV, fluo...) Très grande sensibilité
ELISA inconvenients
Mise en place du test complexe, nécessite le développement d’un anticorps spécifique, d’agents détectables...
ELISA traduction
dosage d’immunoabsorption par enzyme liée
SPR, resonance plasmonique de surface
Indice de réfraction d’une lumière polarisée à l’interface entre un métal et un milieu biologique est lié à la masse des composés portés par cette surface.
SPR + et -
+: Pas de marquage, pas de séparation Accès aux données cinétiques
- : Limite sur la taille du ligand: perte de sensibilité lorsque la taille du ligand et du récepteur sont trop proche
Méthode coûteuse (puce recouverte d’or)
Agoniste A
ligand qui provoque la même réponse biologique que le ligand endogène
antagoniste B
ligand qui ne provoque pas de réponse biologique, il inhibe donc la réponse de l’agoniste en se liant à sa place.
CE50
concentration efficace à 50%,
concentration d’agoniste nécessaire pour provoquer 50% de la réponse maximale.
condition d'experience IC50
depend nature et de la concentration en agoniste
Courbe d’inhibition, Détermination de la CI50
concentration en antagoniste qui réduit de 50% la réponse d’un agoniste.
Peptidomimétiques
Conception de mimes de structure 3D
contrainte conformationelle
Contraintes sur les angle dièdres : introduction d’aminoacides non naturels